孔慧媛是在和父親分手后，被姜潤城帶人綁架的。此時孫旻虎把孔慧媛帶到杜正宇面前，吳正煥(金太祐 飾)得意地要杜正宇放了吳景民。杜正宇卻要他先放孔慧媛，并且告訴他，吳景民的心理醫生文在雄就是預告殺人案的兇手，而孫旻虎早就知道，卻向吳正煥隱瞞。兩方終于說好，孔慧媛和吳景民一同被放開，走向對方。等看到吳景民安全了，吳正煥突然變臉要手下去抓看起來單槍匹馬的杜正宇。哪知突然從遠處射來一串子彈，嚇得打手們匆忙后退。原來那是藥廠老頭躲在高處開槍，他年輕時是軍人，槍法很好。吳正煥他們被鎮住了，杜正宇則帶著孔慧媛揚長而去。李志旭來找杰米，給她看一份資料，上面是一位叫劉權的軍長，當年他對白夜村事務介入得最深，但在慘案那天失蹤了，沒有死亡記錄。而李志旭又拿出一張照片，是白夜生物科技的前身白夜生命工學研究所開創時的合影，里面也有劉權。然后他告訴杰米，劉權的女婿就是吳正煥。杰米用網絡地圖搜尋與文在雄幾次見面的便利店周邊，她判斷文在雄可能就住在這一帶，但一無所獲。她來到特搜隊，去發現里面人去樓空。她去找黃炳哲(金元海 飾)，他說特搜隊已經決定解散，辦公室要騰出來。張志苑和尹碩弼(崔大哲 飾)也在等待分配中。杰米找到他們，仍然要與兩個人合作抓罪犯。在地下藥廠，孔慧媛問杜正宇，招自己加入特搜隊，是不是因為她的父親？杜正宇回答說，最開始是，但現在不一樣了。這時他突然發病暈倒，雖然很快緩醒過來，但知道自己時間不多了。就在這時，武裝軍人突然進入地下藥廠所在的建筑。孔慧媛這才檢查自己身上，發現被人偷放了跟蹤器。軍人投擲煙霧彈后進入地下藥廠，卻反被杜正宇利用煙霧的掩護，將他們一一放倒。然后和孔慧媛、老頭逃走。孔慧媛問杜正宇，吳正煥為什么一定要抓他，杜正宇回答，因為我知道一個秘密。他們去找那位女部長，一番斗嘴之后，杜正宇告訴了女部長自己掌握的案情，問她難道不該阻止一下？女部長思考片刻后，問杜正宇，你想要我做什么？文在雄要張龍植晚上九點把孫旻虎約來，這是不是要殺孫旻虎？吳正煥身體的老化在加速，他再一次服藥后，來到實驗室找曹賢熙。曹賢熙則說實驗還需要十四歲一下孩子的血清，不然連吳正煥現在吃的藥都沒辦法生產。吳正煥又對孔一道說了自己綁架孔慧媛換取吳景民的事，孔一道第一次對他產生了恐懼。女部長這時接到了孫旻虎的電話，告訴她預告殺人的兇手約自己見面，可能殺他。女部長轉頭把這事告訴了杜正宇和孔慧媛。李志旭在電視報道了白夜村是當年軍方介入的人體實驗項目。他的辦公室隨即搬空，節目也被停了。杜正宇和孔慧媛又來到藥廠老頭的另一處地方，老頭已經查到市郊有一家建筑購買了高容量的應急發電機，除非搶救要死的人才會買這種東西，秘密研究所應該就在這里。杜正宇要孔慧媛去文在雄可能殺死孫旻虎的地方。他估計為了防止孫旻虎被殺，白夜財團方面的人應該會集中在那里。而他將趁機去那幢買高容量發電機的建筑，爭取找出秘密研究所。夜晚，杜正宇來到那幢建筑，走進地下層，發現里面有一大堆標示著不同年份的罐子。他打開一道門，走過里面長長的走廊，看到空空的病床，手術室，顯然研究所已經轉移，杜正宇痛苦而憤怒地喊叫起來。而這一切，都被曹賢熙用監控屏幕看到了，杜正宇也發現了正在工作的電腦攝像頭。兩個人通過鏡頭面對面，杜正宇關閉電腦。而這時那個吳正煥的一號打手出現，他剛在外面處理孩子的尸體，也是第一次知道這里是秘密研究所，但不知道研究所已轉移去哪里。他帶杜正宇看了孩子的尸體。這時候杰米要尹碩弼幫忙搞到便利店附近的監控視頻，搞到之后，發現文在雄進入了張龍植的網站大樓，決定去那里看看。夜晚，孫旻虎來到網站大樓，女部長帶警力監視著。孔慧媛和杰米他們也來到大樓下面的停車場，在那里相遇。九點快到了，房間里喝過酒的張龍植突然出現中毒反應，原來文在雄已經給他下毒，看著他毒發身亡。然后文在雄走出房間，卻在外面被姜潤城他們用麻醉飛鏢射中倒地，將他帶走。女部長發現有車輛急速離開大樓，發現不對勁，急忙一邊命人追車，一邊自己進入大樓。而這時孔慧媛、杰米他們找到了孫旻虎，卻發現他安然無恙。接著女部長他們也來了。這時杰米從房間里的一張合影照片想起，張龍植就是幫助自己、杜正宇和文在雄逃走的大人。當年的張龍植不是實驗對象，只是白夜村里面干雜活的。警方繼續搜查，發現張龍植已死。這時文在雄也醒了，發現自己被鐵鏈拴在墻上，吳正煥出現，張龍植生前也把文在雄的秘密都告訴了他，并且建議他搶先攻擊文在雄。姜潤城給文在雄注射了藥劑，待他暈過去后，從他的身上提取了血樣，準備制作血清。但這時吳正煥他們頭頂的燈光突然熄滅了，四周響起了杜正宇的聲音，他被一號打手帶了過來，將其他打手大都放倒。就在這時，曹賢熙出現，對杜正宇說，許久不見了，我的兒子。杜正宇一愣神的工夫，一號打手向他射出麻醉飛鏢。原來這一切都是吳正煥他們策劃好的。