黃飛鴻(鄭愷 飾)是嶺南武術界的一代宗師，也是一位濟世為懷、救死扶傷的名醫，他的一生充滿了傳奇。早年他在臺灣浴血奮戰，與劉永福(湯鎮業 飾)領導的黑旗軍和臺灣當地的賽德克族勇士共同抗擊侵略的日軍，成為了保家衛國的蓋世英雄。回到廣州，開設“寶芝林”，卻走上一條行醫不授武的修心之路。然而，永無止息的江湖爭斗還是將他逼到了不得不出手的生死絕境，卻也讓他登頂武者之王。他被冠上了俠者光環，受人敬仰；可是刺殺貪官的黑暗英雄“鐵馬騮”竟在此時重現江湖。代表光明和黑暗的兩位英雄之間必有一戰！然而，在這場英雄理念之爭的背后竟還隱藏著一連串的驚天陰謀，這三場曠世之戰，終于使黃飛鴻成為了戰無不勝的國士無雙！