姜玫(代斯 飾)過來找秦曉陽(楊旭文 飾)，一是看看他目前狀態如何，是否已經從之前的陰影中完全走了出來，二是給他通報兩個消息。因為秦曉陽與趙大鵬(岳鵬飛 飾)、朱麗彤(繆海梅 飾)成功營救了W國30多名平民的生命，秦曉陽被授予了個人二等功。由于暗網平臺的恢復，之前已經在調查的幾十件暗網交易，除了已經抓到幕后黑手的7宗外，其它的都中斷了線索。姜玫告訴秦曉陽，趙大鵬犧牲前已經向組織申請讓秦曉陽重新回歸天狼，而秦曉陽這次的出色表現也讓天狼重新接納了他。但是秦曉陽依然顧慮重重，心中那個結始終在纏繞著他，姜玫讓他好好考慮一下，能力越大責任也就越大。秦曉陽經過反復思考，他終于闖過了內心這道關卡，重新回到了天狼二隊。戰友們看到他的回歸都很開心，姜玫也想上去和他打招呼，但是想到如今兩人復雜的關系，還是選擇了轉身離開。

回到數據中心后，程柳(張丁蕊 飾)把關于超級市場木馬解凍的分析報告發給了姜玫，姜玫看到后大吃一驚，她要來了原始數據自己分析，最后得出了一個難以置信的結論。姜玫急忙把情況匯報給常建安(石兆琪 飾)，原來姜玫發現這種幫助木馬解凍的編碼方式自己很熟悉，而對這種編碼運用最純熟的人正是唐石(魏晨 飾)和秦曉陽。常建安不動聲色讓姜玫先繼續工作，自己和高參謀長去商量對策。原來W國也傳來消息稱唐石本以被列入到W國反恐部隊的陣亡名單，但現在W國的情報部門卻把他重新劃歸為通緝犯，結合姜玫給到的信息，常建安和高參謀長懷疑唐石就是伯戈洛夫(PIOWRIGHTCHRYSJOHN 飾)的臥底，而且他們得到了另外一個消息，唐石原本在國內的家人突然申請了去M國，這更加重了他們對于唐石臥底身份的嫌疑。

姜玫來找秦曉陽，告訴了他關于唐石奶奶和弟弟即將出國的消息，讓秦曉陽和自己一起去機場送別她們。秦曉陽這才從唐石奶奶嘴里聽說了唐石在W國的撫恤金已經發放下來，有人通知他們幫唐糖(安棟涵 飾)安排好了在M國治病的事情，讓他們一起前往M國。兩人送唐糖和奶奶離開，秦曉陽偷偷地在她們的包裹里塞了一大袋現金，可他倆都沒想到她們此行就是羊入虎口。

唐石通過這段時間對超級市場的研究，發現暗網的服務器應該就在W國的荒山里，他向伯戈洛夫提出要去控制中心看看超級市場的底層代碼，但伯戈洛夫卻對他還有疑慮，堅持讓他只負責研發最新的超級市場3.0就可以了，別去關心其它的事。唐石提醒伯戈洛夫，自己和他只是一種平等合作的關系，伯戈洛夫露出神秘一笑，之后給唐石看了一段視頻，畫面當中正是唐石的奶奶和弟弟。伯戈洛夫警告唐石，如果他乖乖替自己干活，他的家人就會在M國過得好好的，否則結果他可以自己去想。

唐石不甘心就這樣被伯戈洛夫控制，他決定根據自己找到的線索硬闖控制中心，拿到暗網平臺的底層代碼，這樣就擁有了可以和伯戈洛夫談條件的籌碼。唐石依靠高超的電腦水平和敏捷的身手一路混進了控制中心，然而他很快就被王鐸(李幼斌 飾)發現了，王鐸不知道他到底是誰，但是敢闖暗網的控制中心，應該就是恐怖分子的敵人，于是王鐸只是利用攝像頭觀察著唐石的一舉一動，并沒有立刻揭穿他。唐石很快找到了主機機房，他準備復制底層代碼。因為王鐸之前在超級市場2.0里加裝了一個偵測系統，在不知道對方身份的情況下，為了避免自己的秘密曝光，王鐸只能選擇按響了警報器，大批警衛立刻開始對唐石進行圍追堵截，王鐸隨后通過唐石的電腦和他交流，幫助他逃脫了警衛的追殺，順利逃離了控制中心。

唐石有些沮喪地回到住處，宋安琪(周庭伊 飾)正等在那里等他，宋安琪早就料到唐石不會輕易低頭，得知控制中心被入侵的事情后，她第一個就想到了唐石。宋安琪非常擔心伯戈洛夫也會猜到這一點，那么唐石就會面臨巨大的危險。伯戈洛夫知道唐石不會善罷甘休，他主動讓王鐸關停了超級市場，然后約見了唐石。伯戈洛夫對中國和W國聯合反恐很是忌憚，他準備用同樣的辦法來報復給自己造成重大損失的中國武警。伯戈洛夫告訴唐石，自己已經暗中收購了一家名叫冰峰的中國公司，它們目前正在和中國武警數據中心聯合開發一款軟件，伯戈洛夫希望唐石去中國擔任這個公司的總經理，然后利用和武警合作的機會，把木馬植入武警中心的電腦，侵入他們的衛星系統。唐石雖然與KK集團正在合作，但是他卻沒想過真的要和自己的祖國作對，心里自然十分矛盾，但是伯戈洛夫有著他的家人這個籌碼，他不得不按照伯戈洛夫所言行事。

王鐸把有人夜闖控制中心的事情上傳遞給反恐中心，因為唐石一路躲避著攝像頭，他只截取到了唐石的背影照片。這個神秘人和伯戈洛夫主動關閉超級市場一定很大的關聯，但他究竟是誰，伯戈洛夫又為什么好不容易重啟，又要關停超級市場，常建安和高參謀長一時都難以判斷，只好決定見機行事。