清圣祖仁皇帝愛新覺羅?玄燁是清朝第四位皇帝，年號康熙(劉愷威 飾)。康熙帝8歲登基，14歲親政，在位61年，他少年時就挫敗了權臣鰲拜(徐少強 飾)，成年后先后取得了對三藩、明鄭、準噶爾的戰爭勝利，奠定了清朝興盛的根基，開創出康乾盛世的局面，被后世學者尊為“千古一帝”。但這樣一位雄才偉略的帝王，也有他曾經汲汲以求，卻遺憾錯失的東西。

清康熙八年（公元1669年），年僅十六歲的少年帝王愛新覺羅?玄燁，親政已經兩年，但大權仍舊掌握在以鰲拜為首的四位輔政大臣手中，尤其鰲拜因功倨傲，根本不把小皇帝放在眼中。玄燁計劃生擒權臣鰲拜，令納蘭容若(張彬彬 飾)等一眾少年埋伏于大明殿內，然后宣鰲拜晉見。鰲拜大搖大擺地走進皇宮，玄燁裝作與殿內少年練習摔跤，要鰲拜指點他們武功，鰲拜斥責皇帝無鬧，整日不學無術，納蘭容若出言相激，終逼得鰲拜動手。

鰲拜身為大清第一武士，勇猛異常，二十余名少年很快被他打倒，鰲拜氣定神閑地坐上皇帝寶座，突然寶座被推倒，十余根粗壯的鐵鏈把鰲拜綁了起來。鰲拜獸性大發，掙脫鎖鏈揮向玄燁，容若反身將皇帝壓在身下，自己挨了重重的一鞭，皇帝急中生智，咬牙將鎖鏈一端繞在殿前的漢白玉石柱上，鰲拜大發神力扯動鐵鏈，正將皇帝逐漸拉近時，折斷的漢白玉石柱越過皇帝，飛速撞上鰲拜面門，鰲拜猝不及防，被打倒在地，眾少年一擁而上將鰲拜生擒，玄燁當眾宣布鰲拜罪行數條，判其終身監禁。

鰲拜被擒，皇宮外聲勢浩大的余黨清剿隨之開始，這日正逢察哈兒親王阿布鼐(蘇茂 飾)之女良兒(葛莉莎 飾)十歲生辰，阿布鼐與納蘭明珠(陳良平 飾)家是表親，尤其容若與良兒感情最好，容若臨入宮前為良兒送來風箏一只，說要與皇上去捉大壞蛋。阿布鼐是鰲拜黨羽，他無意中聽到容若的話，想進宮向鰲拜報信，卻在武門前被納蘭明珠劫住，納蘭明珠當場宣讀圣旨，將阿布鼐囚禁于春和居。鰲拜眾黨羽眼見風向要變，計劃先救出阿布鼐，阿布鼐長子在別人的攛掇下，與眾人一起沖進春和居，斬殺了看守阿布鼐的近衛軍，阿布鼐暗怪長子糊涂，如此一來，全家形同造反，將絕無生機了。

納蘭明珠接到消息進宮通報皇帝，太皇太后告訴皇帝，擒鰲拜只是個開始，宮外還有他的大批余黨，年少的皇帝當庭下令，讓納蘭明珠全力通剿鰲拜余黨，如遇反抗格殺勿論！良兒與娘親哥哥在后園玩耍，開心地向哥哥阿思海索要生日禮物，阿布鼐慌張地逃回府中，讓大家收拾行李立即就走。納蘭明珠率官兵來到親王府外，他覺得阿布鼐是其妹夫，自己不方便入內，便暫時回避了，領軍的將領帶兵闖入親王府，正碰上欲逃亡的阿布鼐一家，阿布鼐大兒子憤起反抗，官兵因此對阿布鼐全家大開殺戒，良兒目睹全家被屠，幼小的心靈留下了不可磨滅的傷口，額娘臨死之前叮囑良兒，要她去納蘭府找容若哥哥。

良兒一路打聽著去投奔納蘭家，卻被人販子拐跑，醒來發現自己被雙手捆綁，囚禁在一輛馬車上。皇帝與納蘭容若微服私訪，他讓容若在外面叫自己“葉三”，兩人在街市碰上有人偷取錢財，便一路追到了郊外，容若與皇帝走散，皇帝一人追蹤小偷誤中埋伏，鰲拜的死衛前來行刺，欲置皇帝于死地，幸虧玄燁武藝高強，險險避過死關，他搶過一匹馬奪路而逃。良兒趁人販子不備，從飛馳的馬車窗中跳下，想要乘機逃走，人販子發現后追了過來，危急時刻正與皇帝相遇，皇帝將良兒拉到馬上，兩人一起駕馬逃走。身后追兵眼看就至，良兒在馬后捆上樹枝，讓馬兒引開追兵，兩人就近躲了起來，皇帝在一塊石頭上留下記號，說有人會找到自己。皇帝與良兒到山洞暫避，良兒為受傷的康熙捆綁傷口，而后又用哥哥教自己的方法生起了火，康熙贊嘆不已，良兒想起死去的哥哥，卻潸然淚下。

皇宮之內，皇帝失蹤的消息已經傳開，皇太后命親衛們立即去尋找皇帝，親衛們趕來碰上容若，容若看到皇帝留下的記號，推測他應該就在不遠處。良兒想起親人的慘死悲痛不已，皇帝在她手心畫了一只老虎，讓這只百獸之王保護她，并讓她把自己當作親人。皇帝聽到外面有人尋來，他拉著良兒走出山洞，見那些追殺自己的人已經追了過來，皇帝決定獨自去引開敵人，他與良兒約定三日后，在護國寺相見，便奪下一只馬，把良兒推上了馬背。