侯氏一門忠烈，歷經三代為官為將的沉浮，最終衰于侯愈(李晨 飾)之手，全因武后(鐘楚曦 飾)掌控朝政，剝奪他的權勢。多年來，朝中反對武后的大臣絡繹不絕，更是從中做起了走私軍械的勾當。侯愈淪為這些權貴派出的中間人，主要負責與王立德(楊皓宇 飾)交涉，共同建立一條航海渠道。

恰巧黑焰也盯上了王立德，威脅他奇劫這筆黃金。王立德深知黃金換軍械牽涉朝中權貴，黑焰組織勢力龐大且手段殘忍，兩方都不可貿然得罪，唯有求助于侯愈，未料竟是將自己送上死路。

侯愈將計就計，待王立德殺害所有船員后，又親手將其殺害。盡管王立德跳海逃生，藏身小島數日，終難逃一死。原本侯愈以為只要除掉王立德就能高枕無憂，沒想到船上還藏有一名百濟國的偷渡客。黑焰損失慘重，又因行蹤暴露遭朝廷通緝，索性派出金桑(周鐵 飾)冒充幸存者，企圖陷害蓬萊的大人物。

隨后，黑焰又故意遺落航海圖，引誘狄仁杰(周一圍 飾)等人出海。易司事因此露出馬腳，侯愈干脆一不做二不休，將其勒殺，偽裝成自殺。顧孟彬(欒元暉 飾)雖未知曉侯愈的秘密，但因恐懼步易司事的死，整日惶恐不安，可惜還是被侯愈射殺。

狄仁杰逐步揭示了侯愈的作案手法，對他為掩蓋黃金真相而殺害多人的行為感到憤怒。侯愈聲稱自己這么做是為了天下蒼生，唯有掌握黃金才能籠絡朝臣、穩固仕途，防止妖后當道禍亂大唐。

侯愈有大才卻無大德，終究走入歧途，他懇求狄仁杰給予活路，但狄仁杰猶豫不決令他逐漸心寒。因此，侯愈決定先下手為強，偷襲狄仁杰誓死一搏。狄仁杰招招防守，不愿傷及好友性命。最終，大浪襲來，馬榮(凌孜 飾)和喬泰(姬他 飾)帶著狄仁杰逃離此處，侯愈已然失去理智，抱著黃金葬身海底，而他何嘗不是一個可憐人，淪為政斗的犧牲品。

隨著黃金案的徹底告破，劉中使(翟小興 飾)回京復命。狄仁杰向武后承諾從此不再有私販的黃金。數日后，狄仁杰陪同曹安(王麗坤 飾)去寺廟上香，冒險攀爬峭壁為她采摘櫻桃枝，贏得佳人笑顏。當晚，洪亮(尤勇智 飾)(尤勇智 飾)在府中設宴款待曹安，為他們創造獨處機會，但是曹安思慮片刻后起身告辭。

之后的日子里，蓬萊縣衙經常接些無關緊要的小案。這天，有人投訴鐘記質肆不給贖回典當之物，狄仁杰表示會查明緣由秉公處理。就在此時，縣衙再次接到報案，據稱有人親眼目睹“僵尸”，而目擊之人便是一名年紀尚幼的孩童。

在狄仁杰的詢問下，孩童描述了自己與伙伴玩捉迷藏，誤入一片蘆葦沼澤，欲尋出路意外撞見漂浮于湖面的尸體，全身青紫且僵硬。狄仁杰帶著馬榮、喬泰來現場勘查，果然發現多處明顯的血跡。

他們沿著血跡來到一座破敗的譙樓，正前上方懸掛一尊碩大且干枯的鳥人——民間信奉的雨師像，因過于逼真顯得極其荒誕恐怖。狄仁杰在二樓發現有人生活過的痕跡，轉身就看見瘋癲的年輕女子黃鶯兒(楊雪 飾)。

一伙士兵們奉命在附近巡邏，狄仁杰得知李校尉(肖龍 飾)擅作主張命令士兵抬走尸體，便決定親自見一見這個人。李校尉對于狄仁杰的到來不屑一顧，狄仁杰堅持要看尸體，沒想到他早已將尸體焚毀。

與此同時，馬榮和喬泰在士兵營帳里發現了春宮圖。緊接著，他們聽到外面的腳步聲，急忙躲藏起來。幾個約莫十幾歲的童兵相互攙扶進了營帳，胸前后背受到嚴重的鞭撻軍刑，卻毫不后悔昨夜的行為，認為有所值得。