鞠水樓，一座由皇后親筆賜匾的伎坊，忽在一夜之間被大火吞噬，九人中有八人喪命，唯獨狄仁杰(周一圍 飾)幸免于難，因此他成為了最大的嫌疑人。洪亮(尤勇智 飾)(尤勇智 飾)發現狄仁杰徹夜未歸，便與喬泰(姬他 飾)上街尋找，正巧看到狄仁杰被官兵一路拖拽至縣衙接受審訊，急忙去找魏無疾(張嘉益 飾)求助。

明府逼迫狄仁杰簽字畫押，承認鞠水樓乃天災，否則就認定他是放火兇手。狄仁杰聯想前后事件，拒絕簽字，堅稱人禍所致。正當明府下令對狄仁杰施刑時，魏無疾出面作保，并透露狄父親曾是左丞狄知遜(何中華 飾)。

有了這一層關系，明府自然不敢怠慢狄仁杰，但又擔心他會趁機逃走，無法向圣人交代。魏無疾提出給狄仁杰戴上玄鐵腳鐐，以消除明府顧慮。最終，明府同意狄仁杰查案自證清白，需得每日匯報進展，并在一旬內找出真兇。

第一日，狄仁杰等人來到停尸房。八具尸體中有七具已成焦炭，反倒是雅馨(徐棵二 飾)尸身完整。除此之外，狄仁杰發現雅馨身上帶有宮中鑰匙，腰間香囊十分精致，絕非尋常百姓所能擁有，便立刻讓喬泰和馬榮(凌孜 飾)去調查購買這種香料的人。

隨后，狄仁杰返回鞠水樓勘察現場，撿到已被燒毀且用于鎖門的繩結，根據種種跡象，推測雅馨躲藏密室不及逃離而被濃煙熏死。喬泰查出香囊內裝有沒藥檀香和郁金的混合物，皆是皇后最愛用的香料，由此可斷定雅馨是皇后身邊的司寶宮女。狄仁杰親自前往金吾衛衙門告知這一發現，果不其然，皇后心腹將軍康執宜(言杰 飾)前來確認其身份，傳令徹查平康坊。

當夜，以長孫太尉為首的老臣們向圣人施壓，雅馨監守自盜鳳印，全因皇后失責，致使皇權旁落，并為歹人所利用害死忠良，整個朝野鬧得人心惶惶。圣人心有顧慮，未做決斷，皇后則在后宮敲木魚靜心神，全程一言不發。

轉眼兩日過去，直到第三日，鞠水樓仍有官兵把守，無法靠近。喬泰和馬榮在街上搜集消息，馬榮難改往日偷雞摸狗的壞習慣，路過一些攤位總要順手拿點東西，結果裝了一整袋零食瓜果，令喬泰甚是無語。此時，狄仁杰獨自在院子里喝酒發呆，腦海中浮現出賀大荊(王梓權 飾)的音容笑貌，心情異常沉重。這段時間以來，凡是皇后喜愛之物或人都陸續遭遇橫禍，讓大家不得不懷疑是天怒降罰，流言蜚語在長安城里傳得沸揚。

魏無疾擔心狄仁杰的安危，詢問他的調查進展。狄仁杰不愿相信雜報上的消息，而是根據自己的所見所聞來分析情況。他認為皇后科舉改新是為了打破門閥壟斷，農事改新則是為了不再追究脫籍的流民之罪，可讓他們就近落戶，安排田產，民有所耕，地有所長，此舉種種利在黎民百姓。

因此在狄仁杰看來，真兇是針對皇后的敵對勢力中的人，這些人里勢必不乏位居高位。魏無疾默認了狄仁杰的看法，同樣說明其中利害關系，他們并非長安城真正的主人，稍有不慎就會禍及自身。

聽到這些話，狄仁杰心中苦悶，回到房間將自己關了起來。馬榮見狀便擺好一盤糕點送過去，順便向洪亮打聽狄仁杰的身世，得知他從小就父母雙亡，忽生同病相憐之感。洪亮雖是狄家忠仆，只知狄仁杰愛管閑事，具體想法尚不明了。

一場雷雨過后，城外蠶舍再次發生命案，四人在大火中喪生，似又觸及天災。狄仁杰帶著馬榮和喬泰前往現場圍觀，聽聞仵作突發疾病不能前來，主動請纓檢查，判斷死者皆是男性，掌心老繭或為農夫，口腔干凈說明死于火災之前。

隨后，狄仁杰在馬榮的幫助下，從火場里找到令牌。明府制止狄仁杰繼續查下去，小聲提醒他火災蹊蹺，恐為神仙打架，意有所指。狄仁杰心如明鏡，只好帶著馬榮和喬泰先行離開，郊外路邊發現四匹高頭大馬，其中一匹馬讓他覺得眼熟，仔細回想后確定四名死者全是御林軍。